Przed wkroczeniem do Wielkopolski wojsk niemieckich, ludność polska organizowała się w Straż Obywatelską, która podjęła się m.in. walki z niemieckimi dywersantami działającymi w ramach tzw. V kolumny, którzy m.in. atakowali wycofujące się wojsko polskie, uruchamiali nielegalne radiostacje przekazujące informacje Wehrmachtowi i rozsiewali nieprawdziwe informacje wśród Polaków. Członkowie Straży Obywatelskiej aresztowali wielu Niemców, przeprowadzali rewizje w ich domach w poszukiwaniu broni, ale także starali się powstrzymywać ludność polską przed dokonywaniem samosądów na miejscowych Niemcach, by nie dawać argumentów hitlerowskiej propagandzie, która i tak polskie działania prewencyjne przedstawiała jako zbrodnie przeciw ludności niemieckiej w Polsce.
Każdej z pięciu armii niemieckich, które brały udział w agresji na Polskę, towarzyszyły tzw. grupy operacyjne Policji Bezpieczeństwa i Służby Bezpieczeństwa (Einsatzgruppen der Sicherheitspolizei und des Sicherheitsdienst), których zadaniem była pomoc w pacyfikacji zajętego obszaru. Po wkroczeniu wojsk niemieckich do Poznania w dniu 10 września 1939 r., Niemcy utworzyli Poznański Okręg Wojskowy (Militärbezirk Posen), na którego czele stanął gen. Alfred Vollard-Bockelberg, uznający pacyfikację podległego mu obszaru za jedno z najważniejszych zadań. W tym celu powołano nową grupę operacyjną Einsatzgruppe VI, na której czele stanął SS-Oberführer Erich Naumann. Pierwsze oddziały Einsatzgruppe VI wkroczyły do Wielkopolski 11 września 1939 r . W okresie swojej działalności w Wielkopolsce formacja ta liczyła łącznie od 300 do 400 osób. Podzielona została na dwie komendy. Pierwsza komenda, Einsatzkommando 14, objęła swym działaniem południową Wielkopolskę, druga komenda, Einsatzkommando 15, przejęła kontrolę nad północną Wielkopolską. Główna komenda tej grupy operacyjnej znajdowała się w Poznaniu.
Funkcjonariusze Einsatzgruppe VI pomagali niemieckim landratom, którzy podlegali Arthurowi Greiserowi, szefowi administracji cywilnej (Chef der Zivilverwaltung) przy dowódcy Poznańskiego Okręgu Wojskowego, w całkowitej likwidacji wszelkich form polskiego oporu, wykazując się przy tym niebywałą brutalnością. Dokonywano rewizji w polskich i żydowskich domach, rekwirowano broń i zapasy, przeprowadzano także konfiskatę mienia, zwłaszcza należącego do Żydów. Członkom Einsatzgruppe VI wyznaczono także zadanie odszukania i ponownego osadzenia Polaków, których władze polskie wypuściły z więzień w pierwszych dniach wojny. Einsatzgruppe VI przejmowała m.in. archiwa państwowe, urzędowe, samorządowe i prywatne oraz rekwirowała materiały dotyczące polskich organizacji politycznych, religijnych, społecznych oraz zawodowych. Zebrane na podstawie przejętych materiałów informacje, miały zostać użyte w celu eksterminacji osób, które w oczach Niemców stanowiły „wrogi element antyniemiecki”.
Na podstawie specjalnych zarządzeń dowódcy niemieckich wojsk lądowych biorących udział w ataku na Polskę, gen. Walthera von Brauchitscha, dotyczących utworzenia na okupowanych ziemiach polskich tzw. sądów specjalnych oraz karania śmiercią tych, którzy wbrew zakazowi przechowują broń lub materiały wybuchowe, powołane zostały w dniu 21 września 1939 r. policyjne sądy doraźne (Polizeistandgericht), które funkcjonowały w strukturach operacyjnych Policji Państwowej i Służby Bezpieczeństwa, w tym w Einsatzgruppe VI. Tego samego dnia dowódca Poznańskiego Okręgu Wojskowego nakazał w miejscowościach zajętych przez Wehrmacht wyznaczanie zakładników, którzy swoim życiem mieli gwarantować bezpieczeństwo Niemcom. Jako zakładników wybierano przedstawicieli miejscowych elit polskich, m.in. nauczycieli, duchownych, właścicieli ziemskich, przemysłowców i kupców. Lista zakładników nie ograniczała się jedynie do osób ujętych na listach proskrypcyjnych, ale uzupełniana była o kolejne osoby, oskarżane przez miejscowych Niemców o rzekome „krzywdy i zbrodnie” popełnione na ludności niemieckiej zarówno przed wojną, jak i po jej wybuchu. Zakładników stawiano przed policyjnymi sądami doraźnymi, w skład których wchodzili funkcjonariusze Einsatzgruppe VI. Oskarżycielami w sfingowanych procesach byli wielkopolscy Niemcy, nastawieni szczególnie wrogo wobec Polaków, starający się udowodnić rzekome winy sądzonych osób. Następnie w trybie przyspieszonym wydawano wyrok śmierci. We wszystkich publicznych egzekucjach w Wielkopolsce, od połowy września do 25 października 1939 r., zginęło blisko 300 osób.