Więźniowie w swych relacjach wspominali, że wielu osadzonych umierało nie tylko z rąk SS-manów, ale także z powodu warunków, jakie panowały w obozie. Zwłoki więźniów wywożono do Poznania i tam palono w krematorium Collegium Anatomicum. Na podstawie aktów zgonów, sporządzanych przez Niemców w Urzędzie Stanu Cywilnego w Poznaniu, ustalono, że w Żabikowie zmarło lub zostało zamordowanych 290 osób. Ich zwłoki przesyłano z adnotacją „gestorben” (zmarły), bez podania prawdziwej przyczyny śmierci. Jak już wspomniano, ostateczna liczba ofiar obozu w Żabikowie jest trudna do ustalenia.
W styczniu 1945 r., w związku ze zbliżaniem się Armii Czerwonej, zarządzono likwidację i ewakuację obozu w Żabikowie, którą przeprowadził drugi komendant obozu SS- Obersturmführer Alfred Hugo Dietze. Wieczorem 19 stycznia 1945 r. SS-mani rozstrzelali w baraku zwolnień i przyjęć (Abgangszelle) więźniów politycznych, którzy mieli zasądzone wyroki śmierci, a także wszystkich chorych i słabych więźniów. Ciała pomordowanych spalono we wspomnianym baraku. Przed północą wyprowadzono pozostałych więźniów, podpalono baraki, spalono także całą dokumentację obozową. Więźniów politycznych wywieziono w wagonach bydlęcych do obozu KL Sachsenhausen. Gdy 22 stycznia 1945r. 408 osób dowieziono na miejsce, w wagonach znaleziono ciała 37 zmarłych więźniów. Pozostałą grupę więźniów, kobiet i mężczyzn, prowadzono w kierunku KL Sachsenhausen w tzw. „marszu śmierci”. Grupa 208 osób, eskortowana przez członków załogi obozowej z Żabikowa, dotarła do miejsca przeznaczenia 4 lutego 1945 r., kobiety zostały oddzielone i deportowane do KL Ravensbrück. Podczas marszu ewakuacyjnego wielu więźniów zmarło z powodu wycieńczenia i mrozu, niektórym udało się uciec, eskortujący ich SS-mani po drodze zabijali tych, których uznali za niezdolnych do dalszego marszu, np. w Łomnicy koło Zbąszynia zamordowano 17 więźniów.
22 stycznia 1945 r. na cmentarz katolicki w Żabikowie nieznana grupa SS-manów przywiozła grupę 33 więźniów z obozu w Działdowie, wśród których byli mieszkańcy okolic Makowa Mazowieckiego. Więźniowie ci zostali następnie rozstrzelani na terenie cmentarza. Był to ostatni mord dokonany przez Niemców w Żabikowie. Dnia 26 stycznia 1945 r. po południu wkroczyły do Żabikowa wojska radzieckie I Frontu Białoruskiego, zajmując Luboń i okolice.
Sprawcy zbrodni popełnionych w dniu likwidacji obozu w Żabikowie, a także podczas jego funkcjonowania nigdy nie ponieśli odpowiedzialności za swoje czyny.