Einsatzgruppe VI zebrało się 9 września we Frankfurcie nad Odrą wraz z całym sztabem Poznańskiego Okręgu Wojskowego oraz sztabem szefa zarządu cywilnego przy dowódcy tego okręgu. Pierwsze oddziały Einsatzgruppe VI wkroczyły do Wielkopolski 11 września 1939 r. Następnego dnia, tj. 12 września, oddziały tej formacji w liczbie około 150 ludzi wkroczyły do Poznania, gdzie stacjonowało jeszcze Einsatzkommando 1, wchodzące w skład Einsatzgruppe III. Einsatzgruppe VI w okresie swojej działalności w Wielkopolsce liczyła łącznie od 300 do 400 osób. Podzielona została na dwie komendy. Pierwsza komenda, Einsatzkommando 14, dowodzona przez SS-Sturmbannführera Gerharda Flescha, objęła swym działaniem południową Wielkopolskę. Druga komenda, Einsatzkommando 15, dowodzona przez SS-Sturmbannführera Franza Sommera, przejęła kontrolę nad północną Wielkopolską. Siedziba główna Einsatzgruppe VI oraz obydwu komend znajdowała się w Poznaniu. W obrębie każdej komendy działały komórki organizacyjne Tajnej Policji Państwowej (Geheime Staatspolizei, gestapo), Policji Kryminalnej (Kriminalpolizei, kripo) oraz SD. Zarówno w komendach, jak i w ramach całej Einsatzgruppe VI funkcjonował podział na wymienione trzy formacje.
Wyciąg ze statusu Związku Powstańców Wielkopolskich, sporządzony przez niemiecką Służbę Bezpieczeństwa (SD), na podstawie dokumentów przejętych przez Einsatzgruppe VI. Charakterystyka organizacji została podzielona na takie części, jak ogólny opis Związku, jego cel i działania, prawa członkowskie i struktura organizacyjna. Dokument przedstawia Związek Powstańców Wielkopolskich jako organizację apolityczną, która swoją działalnością obejmuje całe terytorium Polski oraz Wolnego Miasta Gdańska, a także skupiska Polaków za granicą. Celem głównym organizacji ma być złączenie wszystkich powstańców wielkopolskich w zdyscyplinowaną i twórczą jednostkę pracującą na rzecz narodowego państwa polskiego oraz bezpieczeństwa i mocarstwowej roli Polski. Organizacja ma za zadanie pielęgnować ideały i cnoty obywatelskie o które walczyli powstańcy wielkopolscy. Członkiem organizacji może być każdy honorowy obywatel Rzeczypospolitej Polskiej, chrześcijanin narodowości polskiej. Związek Powstańców Wielkopolskich jest członkiem federacji polskich związków obrońców ojczyzny i współpracuje m.in. ze Związkiem Powstańców z Górnego Śląska. Dokument ten podkreśla aktywne działanie Związku Powstańców Wielkopolskich na rzecz państwa polskiego, tym samym jego członkowie zostają przedstawieni jako „wrogowie Rzeszy”
Spełniając swoje najważniejsze zadania, jakimi były pomoc komendantowi Poznańskiego Okręgu Wojskowego w spacyfikowaniu zajętego obszaru oraz realizacja głównych celów w ramach „Akcji Tannenberg”, Einsatzgruppe VI penetrowała i przejmowała archiwa państwowe, urzędowe, samorządowe i prywatne. Rekwirowała także materiały dotyczące organizacji politycznych, religijnych, społecznych oraz zawodowych. Einsatzgruppe VI interesowało się szczególnie organizacjami, których członkowie mieli być szczególnie aktywni w działaniach na rzecz polskości ziemi wielkopolskiej, takimi jak Stronnictwo Narodowe czy Związek Powstańców Wielkopolskich. Zebrane na podstawie przejętych materiałów informacje miały zostać użyte w celu eksterminacji osób, które w oczach Niemców stanowiły „wrogi element antyniemiecki”.
